Những con "kaiju" (quái vật khổng lồ) bất ngờ xuất hiện và hoành hành khắp Nhật Bản trong nhiều năm. Một đơn vị tinh nhuệ được gọi là Quân đoàn Phòng vệ phải liều mạng hàng ngày để bảo vệ dân thường. Anh chàng Kafka Hibino mang ước mơ gia nhập Quân đoàn từ nhỏ nhưng lại bị dòng đời đưa đẩy, phải làm công việc chuyên xử lý xác quái vật. Sau một tai nạn kỳ lạ, anh có được khả năng biến hình, được mệnh danh là "Kaiju số ". Từ đây, Kafka bắt đầu hiện thực hóa ước mơ thuở nhỏ của mình, gia nhập Quân đoàn và giấu kín năng lực vừa có được.